Det er viktig at det føres løpende prosjektregnskap som dokumenterer utgiftene i prosjektet. Det kan kreves fradrag for kostnader som er direkte knyttet til prosjektet og som er skattemessig fradragsberettiget. Alminnelige driftskostnader inngår ikke.
Fradrag for lønn og indirekte kostnader beregnes etter en sjablong som beregnes med utgangspunkt i foretakets lønnskostnader.
I mange Skatte-FUNN-prosjekter er lønn til egne ansatte en vesentlig del av kostnadene. Timer som blir utført i et Skatte-FUNN-prosjekt skal dokumenteres ved at det føres timelister løpende for FoU-personale som viser, fordelt pr. dag, navn på FoU-person, antall timer samt hvilke delmål som er bearbeidet. FoU-medarbeider og prosjektansvarlig signerer timelistene løpende og minst hvert kvartal, Kravet gjelder også for timer som ble utført før Forskningsrådets godkjenning av prosjektet. Foretaket må derfor ha nødvendige system og rutiner for timeføring og signering med en gang foretaket starten med prosjektet.
Det er et absolutt vilkår for skattefradraget at foretaket har signerte timelister for å dokumentere personal- og indirekte kostnader. Har ikke foretaket slike signerte timelister, vil kostnadene bli strøket.
Maksimal timesats for egne ansatte er 700 kroner pr. time (for egenutført FoU og innkjøpt FoU fra nærstående selskaper). Timelønnen utregnes som 1,2 promille av avtalt og reell årslønn. Maksimalt 1850 timer kan føres pr. ansatt pr. år. En oversikt over rammer og satses finnes på
skattefunn.no